بعد از شهادت برادرش حمید و برخی یارانش روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست . ۱۵ روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقا علی بن موسی الرضا(ع ) خواسته بود که خداوند توفیق شهادت را نصیبش نماید.

سپس خدمت امام خمینی (ره ) و حضرت آیت اله خامنه ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند. این فرمانده دلاور در عملیات بدر در تاریخ ۶۳ ۱۱ ۲۵ به خاطر شرایط حساس عملیات طبق معمول به خطرناکترین صحنه های کارزار وارد شد و در حالی که رزمندگان لشگر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می کرد تلاش می نمود تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتک های دشمن تثبیت نماید که در نبردی دلیرانه بر اثر اصابت تیرمستقیم مزدوران عراقی ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نائل گردید.

هنگامی که پیکر مطهرش را از طریق آبهای هورالعظیم انتقال می دادند قایق حامل پیکر وی مورد هدف آرپی جی دشمن قرار گرفت و قطره ناب وجودش به دریا پیوست . او با حبی عمیق به اهل بیت عصمت و طهارت (ع ) و عشقی آتشین به اباعبدالحسین علیه اسلام و کوله باری از تقوی و یک عمر مجاهدت فی سبیل الله از عمر زمانش سبقت گرفت و به دیار دوست شتافت تا در جنات عدن الهی به نعمات بیکران و غیرقابل احضار دست یافت .

شهید مهدی باکری در مقابل نعمات الهی خود را شرمنده می دانست و تنها به لطف و کرم عمیق خداوند تبارک و تعالی امیدوار بود در وصیت نامه اش اشاره کرده است که : چه کنم که تهی دستم خدایا قبولم کن . شهید محلاتی از بین تمام خصلتهای والای شهید به معرفت او اشاره می کند و در مراسم شهادت ایشان راز و نیاز عاشقانه وی را با معبود بیان می کند و از زبان شهید می گوید : خدایا تو چقدر دوست داشتنی و پرستیدنی هستی هیهات که نفهمیدم.